Pierpont (tên Morgan thích được gọi) sinh ra và lớn lên tại Hartford, Connecticut (Hoa Kỳ). Pierpont theo học tại nhiều trường khác nhau do mong muốn của cha ông, Junius Spencer Morgan. Mùa thu năm 1848, Pierpont chuyển tới trường công lập Hartford, rồi tới học viện Tân giáo tại Cheshire (ngày nay gọi là học viện Cheshire). Tháng 9/1851, Pierpont trúng tuyển vào Trường trung học Boston, một trường học đặc biệt tập trung dạy toán cho các thanh niên trẻ nhằm chuẩn bị cho họ kiến thức để hoạt động trong ngành thương mại. Vào mùa xuân nằm 1852, Pierpont mắc chứng thấp khớp khiến ông gần như không đi lại được, và cha ông phải đưa ông tới Azores để chữa trị.

Sau một năm điều trị, Pierpont trở lại trường Trung học Boston để tiếp tục việc học của mình. Sau khi tốt nghiệp, cha ông gửi ông tới Bellerive, một ngôi trường gần làng Vevey của người Thụy Sĩ, và sau khi thành thục Tiếng Pháp, Pierpont tiếp tục được theo học trường đại học Göttingen để học tiếng Đức. Pierpont đạt chứng chỉ tiếng Đức và bằng lịch sử nghệ thuật tại đây, trước khi chuyển tới Wiesbaden để hoàn thành việc học tập của ông[1].